Mimo, iż faktura pro forma zawiera większość elementów faktury handlowej, to jednak nie stanowi dokumentu księgowego i nie podlega ewidencji w KPiR. Zarówno wystawienie faktury pro formy przez sprzedawcę, jak i jej otrzymanie przez kupującego nie powoduje powstania żadnych skutków podatkowych. W związku z tym brak jest podstaw do jej zaewidencjonowania w księdze podatkowej.
W sytuacji, gdy w oparciu o fakturę pro forma została uiszczona zaliczka, przedpłata, czy wykonana usługa bądź dostarczony towar, sprzedawca zobowiązany jest do wystawienia faktury właściwej i to ona będzie stanowiła dowód księgowy podlegający ewidencji. Faktura ta powinna być wystawiona nie później niż siódmego dnia, od dnia otrzymania należności lub wykonania usługi/dostarczenia towaru.
Zgodnie z tym, nawet faktura pro forma, która dotyczy zakupu towarów nie może zostać zaewidencjonowana w KPiR, a na jej podstawie nie można zaliczyć dokonanego zakupu do kosztów uzyskania przychodu. Faktura pro forma nie upoważnia również nabywcy do odliczenia VAT. Przedsiębiorca powinien więc pamiętać, że pełni ona jedynie funkcję dokumentu handlowego, a nie księgowego.
