Służba celna jest jednym z elementów aparatu skarbowego. Tworzy ona jedną całość z izbami celnymi, urzędami celnymi oraz oddziałami celnymi, którymi dowodzi Departament Podatku Akcyzowego i Ekologicznego.Do elementów kontroli celnej odnoszą się dodatkowo laboratoria celne.   Najmniejszymi jednostkami organizacyjnymi aparatu celnego są oddziały celne. Najważniejszymi obowiązkami owych elementów organizacyjnych jest służba granic kraju i kontrola nad prawidłowością ustaleń akcyzowych i celnych. Podmiotami organizacji państwowej o zasięgu lokalnym, które pełnią osobistą kontrolę nad odpowiedniością działań oddziałów celnych są urzędy celne. Izby celne natomiast pełnią szereg funkcji o charakterze fiskalnym, kontrolnym i ochronnym. Nie licząc wypełniania zadań określonych przepisami prawa celnego, przeprowadzają one również inspekcję urzędów celnych i oddziałów celnych. Dowodzi nimi dyrektor izby celnej, który powoływany jest przez ministra finansów. Wszelkie procesy zachodzące w jednostkach organizacyjnych w strukturze aparatu skarbowego są nadzorowane przez ministra finansów.