Faktury zaliczkowe w VAT wystawiane są, gdy przed wydaniem towaru czy wykonaniem usługi zbywca trzyma od klienta część, a czasem całość należności. Jakie warunki muszą być spełnione? Bardzo często zdarza się, iż podatnicy VAT przed wydaniem towaru bądź wykonaniem usługi otrzymują od klientów część, a czasami całość należności, w szczególności przedpłatę, zaliczkę, zadatek. Obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w tej części, w jakiej została ona wpłacona. Wedle art. 106 ust. 3 ustawy o VAT, prawodawca określił obowiązek wystawienia faktury VAT w sytuacji otrzymania zaliczki, a w szczególności zagadnienie wystawiania faktur zaliczkowych reguluje § 14 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom. Fakturę VAT zaliczkową wystawia się nie później niż 7 dnia od dnia, w którym otrzymano część lub całość należności od klienta. Zasadę powyższą stosuje się do każdej następnej zaliczki. Faktura taka musi spełniać te same wymogi co normalna faktura VAT. Musi jednak zawierać dodatkowo informacje dotyczące zamówienia lub umowy, na mocy której została wpłacona zaliczka oraz nazwę towaru (usługi), cenę netto, ilość zamówionych towarów, stawki podatku, wartość podatku oraz wartość brutto zamówienia lub umowy a również daty i numery poprzednich faktur zaliczkowych wystawionych do tej umowy lub zamówienia oraz sumę kwot pobranych wcześniej części należności brutto. Jeśli zaliczka obejmuje część należności do zawartej umowy lub złożonego zamówienia, to po wydaniu towaru czy wykonaniu usługi należy wystawić fakturę na zasadach ogólnych. Przyjęło się, że oznacza się ją jako końcowa, z tym że sumę wartości towarów (usług) pomniejsza się o wartość otrzymanych części należności, a kwotę podatku zmniejsza się o sumę kwot podatku wykazanego w fakturach zaliczkowych. Faktura rozliczająca zamówienie musi zawierać również numery faktur wystawionych przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi. Często też zdarza się, że faktura zaliczkowa obejmuje całą należność brutto za dostawę towaru lub usługi, sprzedawca po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi nie musi wystawia już faktury, jednak z przyczyn porządkowych wystawia fakturę końcową.